HuTrack   HuFit   HuEs 
 Control software of the NanoTruth microscope 
 Sběr dat z kamerových systémů 
 deWise Init   deWise Analyst 

HuTrack

Unsupervised miner of human trajectory from unannotated video. Detect humans in each frame using ACF (Aggregated Channel Features) and then assembling sequences of bounding boxes in image sequences. To predict next coordinate of box Kalman Filter is used. The criteria for assignment of trajectories is quite strict, enforcing that one trajectory belongs to the single human on video, without individualization.

Method for preparation of images for the HuTrack software.

Software need instalation of MatlabRuntime 9.7

For download write email to macho(a)frov.jcu.cz

HuFit

Fit the model to the data, using human-aided annotation (example .xlsx Excel file included) and .h5 tracklets from 1st software. At the moment was tested identification of age, sex, general appearance and luggage, we have identified 8 parameters. Running this software is very time consuming, because it essentially train neural networks, and not single one. It also require strong GPU. On my Nove Hrady PC it takes around 20 min for all. Network themselves are convolutional + LSTM (recursive units with long-short time memory). They are not very complicated by design, but the technologies are cutting edge. Trained model is included.

Software need instalation of MatlabRuntime 9.7

For download write email to macho(a)frov.jcu.cz

HuEs

The software uses the .h5 tracklets from HuTrack and model from HuFit one can estimate desired parameters in new sequence of data

Software need instalation of MatlabRuntime 9.7

For download write email to macho(a)frov.jcu.cz

NanoTruth

Control software of the NanoTruth microscope 2019, for NVidia Jetson Xavier

For download write email to macho(a)frov.jcu.cz

Sběr dat z kamerových systémů

Software slouží ke sběru dat, jejich organizaci, vizualizaci a ruční analyse video záznamů z kamerových systémů používaných pro monitorování výskytu vydry a kormorána v rámci projektu QK1920102 Automatizace a objektivizace monitoringu rybožravých predátorů

  • Software umožňuje uživateli vizualizaci používaných kamerových systémů v mapovém podkladu
  • Výběr kamer pro analýzu video záznam
  • Zobrazení a filtraci video záznamů v roce/měsíci/dnu. Filtrace funguje na úrovni typu zvířete, které se video záznamech vyskytuje

    Software je implementován jako samostatně spustitelná aplikace, skládá se ze tří oken
  • mapa zobrazuje kamerové snímače na mapě, podle jejich pozice
  • kalendář zobrazuje počty výskytů zvířat, kde vybraných kamer v roce/měsíci/dnu
  • přehrávač videa přehrává vybraný video záznam pro kontrolu chování zvířete

    Implementace
  • Software je implementován v jazyce C s podporou platformy .net
  • Software musí mít přístup k úložišti video záznamů, které má specifickou strukturu ukládání dat
  • Software využívá nástroj pro vizualizaci map Gmap.net
  • Operační systém Windows 10

Sber-dat-NAZV

Download - Sběr dat z kamerových systémů pro získání hesla kontaktujte macho(a)frov.jcu.cz

deWise Init

Software module (Python 3.0 and higher, Linux OS) for GPIO illumination adjustment and CSI camera calibration for visible light and true color representation. The module is primarily intended for microcomputer pinhole cameras (PiCamera, WaveShare) with an existing and documented Python setup library. Depending on the lighting conditions, the module adjusts the camera's optional white balance, brightness normalization, and contrast adjustments to use dynamic range. The module operates with video stream, in 8-bit mode, and predefined white / black reflectance limits. The result is the fixation of the semi-optimal camera settings in the given lighting conditions.

for download write email to urbanj(a)frov.jcu.cz

deWise Analyst

Standalone software application (Win10) for evaluation of color changes of fish and other objects. It is a user-friendly environment for processing and analyzing photographic data captured by a calibrated device (camera, special darkroom). The application includes image segmentation (background / object-fish), transformation and graphical characteristics of color spaces (sRGB, cRGB, Lab, HSV, Lch), statistical image analysis and image groups (mean, median, mode, standard deviation), and estimation of dominant wavelength and position in color gamut. The option is to export to the selected folder


deWise Analyst

for download write email to urbanj(a)frov.jcu.cz